中小企業の税制優遇まとめ｜使える節税制度を税理士が解説
- 近藤 祐輔
- 2025年4月10日
- 読了時間: 8分
はじめに
税制優遇措置を「なんとなく知っている」だけでは、使えるはずの節税を見逃しています。年商5億円を目指す企業にとって、税制の最適化はキャッシュフローの改善と競争力の強化に直結します。
この記事では、中小企業が積極的に活用すべき代表的な税制優遇措置を、最新の改正情報を踏まえて税理士の立場から対話形式で解説します。
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1. 税制優遇措置を活用する前に知っておくべきこと
社長： 節税の制度がいろいろあると聞きますが、どれから手をつければいいですか？
税理士： まず優先順位を整理することが重要です。節税の手段は大きく3種類に分けられます。
① 税額控除：税金そのものを減らす（最優先）
例：賃上げ促進税制、研究開発税制など
② 特別償却・即時償却：費用の計上時期を前倒しする（次点）
例：中小企業投資促進税制、少額減価償却資産の特例など
③ 課税の繰り延べ：利益を一時的に繰り延べるが解約時に課税される（慎重に）
例：保険商品・経営セーフティ共済など
税額控除を最優先に活用し、課税の繰り延べにとどまる手段は出口戦略まで含めて設計することが、節税と財務体質強化を両立させる基本方針です。
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2. 賃上げ促進税制（旧：所得拡大促進税制）
社長： 従業員の給与を上げると、税金が減ると聞いたんですが？
税理士： はい。賃上げ促進税制は、前年度より給与等の支給額を一定割合以上増加させた中小企業が、増加額の一部を法人税額から直接控除できる制度です（令和9年3月31日までに開始する事業年度が対象）。
税額控除率は賃上げ率と上乗せ要件によって変わります。
要件 | 税額控除率 |
賃上げ率1.5%以上（基本） | 15% |
賃上げ率2.5%以上 | 30% |
上乗せ要件（子育て・女性活躍支援等）を満たす場合 | 最大＋15% |
最大控除率 | 45%（ただし法人税額の20%が上限） |
社長： 「税額控除」というのは、所得控除と何が違うんですか？
税理士： 大きな違いがあります。所得控除は課税所得を減らす（税率をかける前の金額を減らす）のに対して、税額控除は計算後の法人税額から直接差し引きます。たとえば税額控除100万円であれば、法人税が100万円そのまま安くなります。節税効果が非常に高い手段です。
また、当期に控除しきれなかった金額は最大5年間繰り越すことができます。赤字の年でも要件を満たす賃上げを実施しておくことで、将来黒字化した年に控除を受けることができます。
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3. 中小企業投資促進税制（特別償却・税額控除）
社長： 設備投資をした場合の税制優遇はありますか？
税理士： 中小企業投資促進税制があります。一定の設備（機械装置・工具・器具備品・建物附属設備・ソフトウェアなど）を取得した場合に、通常の減価償却に加えて即時償却（全額損金）または税額控除（取得価額の7〜10%）のいずれかを選択できます。
社長： 特別償却と税額控除、どちらを選べばいいですか？
税理士： 利益が十分に出ている年は税額控除の方が確実な節税効果があります。特別償却は費用の前倒しであり、将来の償却額が減るため税負担の「繰り延べ」です。当期の利益が少ない場合は特別償却を選び、翌期以降に控除額を活用する選択もあります。適用条件・対象資産の要件が細かいため、取得前に顧問税理士に確認することをお勧めします。
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4. 少額減価償却資産の特例・一括償却資産
社長： 少額の備品を購入した場合の特例はありますか？
税理士： 2種類あります。
区分 | 要件 | 損金算入 |
一括償却資産 | 取得価額10万円以上20万円未満 | 3年間で均等に損金算入 |
少額減価償却資産の特例 （中小企業のみ） | 2026年3月31日以前取得：30万円未満、 4月1日以降取得：40万円未満 | 全額即時損金算入 （年間300万円上限） |
社長： 少額減価償却資産の特例は最近変わったんですか？
税理士： そうです。2026年4月1日以降に取得した資産は上限が30万円から40万円に引き上げられています。パソコン・業務機器・什器などの購入時に積極的に活用してください。なお、青色申告書を提出している中小企業（資本金1億円以下）に限られます。
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5. 経営セーフティ共済（中小企業倒産防止共済）
社長： 経営セーフティ共済というのはどういう制度ですか？
税理士： 取引先の倒産に備えるための共済制度です。月額5,000円〜20万円の掛金を積み立て、掛金は全額損金算入できます（年間最大240万円・総額800万円まで）。解約時には解約手当金（最大100%）が戻ってきます。
社長： 最近、制度が改正されたと聞きましたが？
税理士： 2024年10月以降に解約して再加入する場合、解約日から2年間は再加入時の掛金を損金算入できなくなりました。以前は解約と再加入を繰り返すことで課税を繰り延べる節税手法が使われていましたが、この改正によって制限されました。
社長： 今から新規加入する場合は問題ないですか？
税理士： 新規加入（初めての加入）は従来通り掛金を全額損金算入できます。解約後の再加入に対してのみ制限が課されています。ただし解約時の解約手当金は全額益金算入（課税対象）になるため、解約のタイミングと出口戦略は顧問税理士と事前に設計しておくことが重要です。
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6. 研究開発税制（R&D税制）
社長： 製品開発やシステム開発をしている会社が使える制度はありますか？
税理士： 研究開発税制（R&D税制）があります。試験研究費（研究開発費）に対して、法人税額から一定割合を控除できる制度です。製造業・IT業はもちろん、自社ソフトウェア開発や新サービスの企画開発も対象になりえます。
控除率や上限は会社規模・試験研究費の増減率によって変わり、制度改正も頻繁なため、適用要件の確認は顧問税理士に相談することをお勧めします。
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7. 税制優遇措置を活用する際の注意点
社長： 制度を使う際に気をつけることはありますか？
税理士： 3点あります。
① 適用条件・事前届出がある制度も多い
賃上げ促進税制は前年との比較計算が必要、中小企業投資促進税制は取得日や対象資産の要件が厳格です。事前に要件を確認せずに設備投資をしてしまうと、適用できなかったというケースがあります。
② 節税目的が強すぎるとリスクになる
経済合理性が乏しい設備投資や制度の濫用は否認リスクがあります。「本来の投資目的」と「節税効果」の両立が必要です。
③ 銀行評価との兼ね合いを意識する
課税の繰り延べにとどまる節税でも、一時的に利益が圧縮されるため内部留保の積み上がりに影響します。銀行格付けへの影響も考慮したうえで活用してください。税制優遇措置は「投資・賃上げ・研究開発と連動した戦略的活用」が本来の姿です。
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まとめ
税額控除（賃上げ促進税制・R&D税制など）を最優先に活用する
少額減価償却資産の特例は2026年4月1日以降取得分から40万円未満に拡充
経営セーフティ共済は新規加入なら全額損金算入可。解約後2年以内の再加入には損金算入制限あり。解約時は全額課税対象となるため出口戦略が必要
税制優遇措置は「節税ツール」ではなく「投資・人材・成長戦略と連動した経営判断」として活用する
適用条件は制度ごとに細かく異なるため、事前に顧問税理士に確認することが不可欠
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よくある質問（FAQ）
Q1. 賃上げ促進税制は赤字の年でも使えますか？
賃上げの要件を満たした年度に控除しきれなかった金額は、最大5年間繰り越すことができます。赤字の年でも要件を満たす賃上げを実施しておくことで、将来黒字化した年に控除を受けることが可能です。
Q2. 少額減価償却資産の特例と一括償却資産はどう使い分ければいいですか？
当期に利益が多く出ていてすぐに節税したい場合は少額減価償却資産の特例（即時全額計上）が有効です。一括償却資産（3年均等）は、年間300万円の上限を超えた場合や、利益が少ない年に分散して計上したい場合に適しています。なお、一括償却資産は償却資産税（固定資産税）の対象外になるというメリットがあります。少額減価償却資産の特例を使った場合は固定資産台帳への計上が不要になりますが、償却資産税の申告対象になる点も考慮してください（税率は1.4%・免税点150万円未満）。詳しくは顧問税理士に確認することをお勧めします。
Q3. 経営セーフティ共済の解約時の税負担はどう対応すればいいですか？
解約手当金は全額益金算入（課税対象）になります。役員退職金の支給・設備投資・その他の費用計上が見込まれる年度に解約タイミングを合わせることで、課税負担を平準化できます。解約の出口戦略は事前に顧問税理士と設計しておくことを強くお勧めします。
Q4. 中小企業投資促進税制の対象にならない設備はありますか？
建物・構築物・土地・自動車（一部除く）などは対象外のケースが多いです。また取得価額の要件（機械装置は160万円以上など）もあります。購入前に対象かどうかを必ず確認してください。
Q5. これらの制度は確定申告時に自動的に適用されますか？
いいえ。確定申告書に適用申請と必要書類の添付が必要です。申告漏れがあると適用を受けられない場合があります。決算時に顧問税理士と一緒に適用可能な制度を確認する習慣をつけてください。
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近藤祐輔税理士事務所では、税務だけでなく財務・資金戦略・銀行対応まで、代表税理士が直接担当します。
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